（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和差异十分---，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长；
（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
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农民有使用有机肥的传统，十分重视有机肥的使用
工厂化无害化处理
如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，蔬菜肥加工，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蔬菜肥厂家，蒸汽消毒房的温度不能太高，蔬菜肥，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，蔬菜肥品牌，全部的虫卵、杂草种子及有害的病菌等。
有些菜农认为菌肥不能和化肥混合。混合后，高浓度化学物质菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中营养物质含量低，单独使用难以满足作物生长的需要。菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等。施土后易固定，与生物有机肥混合使用可减少营养物质的固定和损耗。另外，单独施用大量化肥和化肥不均匀时，容易对作物产生毒副作用。当有机肥厂家发现与菌肥混合时，这样的问题就会减少。
土壤中施用大量菌肥，虽然没有烧根现象，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不会像化肥一样烧掉蔬菜根，但是蔬菜和植物中盐的积累会增加，有害消费者的健康和土壤会恶化，但是肥料的投入成本会增加，蔬菜的栽培效率会降低。因此，有机肥制造商建议根据作物需求和土壤养分情况科学确定生物肥的施肥量，达到增产增收的目的。
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